Kissan perusvärinä voi pitää mustaa. Kissalla jolla on normaali pigmentaatio eikä pigmentaation määrään vaikuta muut perintötekijät, on musta. Musta voi muuntua eri tekijöiden seurauksena erilaisiin muotoihin, joista yleisin, voisi sanoa peruskissan väri, on ruskeatabby (joko tiikeri, täplikäs tai klassinen tabby) kissa, eli kissa on perusväriltään musta, mutta dominoiva agoutitekijä (A) muuttaa kissan kuviolliseksi (kuvion väri on musta, mutta pohjaväri on muuttunut agoutitekijän seurauksena keltaisemmaksi, ja tästä puhutaan suomenkielessä siten ruskeatabbyna, englanninkielellähän ruskeatabby on ”mustatabby” eli black tabby) . Toisaalta, jos ajatellaan perinteisiä maatiaiskissoja, suurin osa on valkolaikkuja, koska valkolaikkuisuus (piepald, S-geeni) on hallitseva ominaisuus. Lisäksi peruskissan väritykseen vaikuttaa punaista väriä periyttävä O-geeni, jonka periytymisen tekee mielenkiintoiseksi sen sukupuolisidonnaisuus sekä valkoisen värin periyttävä W-geeni, joka peittää alleen kaikki muut väreihin vaikuttavat tekijät, jos kissa on perinyt valkoisen värin perintötekijän. Eri kissaroduilla väritykseen vaikuttavat lisäksi monet muut tekijät, joista tarkemmin myöhemmin. Mutta lähdetään liikkeelle peruskissan väritykseen vaikuttavista tekijöistä.

Valkolaikku vai yksivärinen kissa

Ominaisuuden perinnöllisyyteen ja ilmenemiseen ulkoasussa vaikuttaa alleelipari. Alleeliparin alleeleista toinen tulee isältä ja toinen emolta. Miten ominaisuus näkyy ulkoasussa ja miten se periytyy, vaikuttaa näiden kahden alleelin yhteisvaikutus. Jos ominaisuus on hallitseva (dominoiva), se tulee aina esille ulkoasussa, kun jompikumpi alleeliparin alleeleista on hallitsevan ominaisuuden mukainen. Hallitseva ominaisuus peittää siis alleen väistyvän ominaisuuden, jonka esilletulo vaatii, että molemmat alleelit ovat väistyvän ominaisuuden mukaisia.

Valkolaikkuisuus on hallitseva (dominoiva) ominaisuus, yksivärinen (siis ei-valkolaikku; kilpikonnaväritys ei liity tähän ominaisuuteen, vaan punaisen värin periytymiseen, siitä myöhemmin) väistyvä (resessiivinen) ominaisuus. Jos kissa on yksivärinen, sen valkolaikkuisuuteen vaikuttavista alleeleista kumpikin on siis aina yksivärisyyttä periyttävä s-alleeli, eli kissan genotyyppi on muotoa ss, toisin sanoen se on homotsygootti yksivärinen. Kun kaksi yksiväristä kissaa yhdistetään, kaikki jälkeläiset ovat yksivärisiä, koska se perii sekä isältään että emoltaan s-alleelin eli yksivärisyyttä periyttävän perintötekijän.

Vanhemmilta periytyvät ominaisuudet (molemmat värillisiä) s (yksivärinen) s (yksivärinen)
s (yksivärinen) ss (yksivärinen) ss (yksivärinen)
s (yksivärinen) ss (yksivärinen) ss (yksivärinen)

Jos toinen vanhemmista on valkolaikku, voi kissa olla homotsygootti  valkolaikun kantaja. Tällaisessa tapauksessa kaikki jälkeläiset ovat valkolaikkuja, koska jälkeläinen saa hallitsevana ominaisuutena periytyvän valkolaikku-tekijän aina perimäänsä:

Toinen vanhemmista homotsygootti valkolaikku, toinen yksivärinen S (valkolaikku) S (valkolaikku)
s (yksivärinen) Ss (valkolaikku) Ss (valkolaikku)
s (yksivärinen) Ss (valkolaikku) Ss (valkolaikku)

Jos valkolaikun kissan vanhemmista toinen on ollut yksivärinen, siis vaikkapa edellisen esimerkin jälkeläinen, tällainen valkolaikku kissa on heterotsygootti, joka periyttää joko valkolaikun S-alleelin tai yksiväri s-alleelin jälkeläisilleen. Jos heterotsygootti valkolaikku kissa yhdistetään yksivärisen kissan kanssa, pennut voivat olla joko valkolaikkuja tai yksivärisiä:

Toinen vanhemmista heterotsygootti valkolaikku, toinen yksivärinen S (valkolaikku) s (yksivärinen)
s (yksivärinen) Ss (valkolaikku) ss (yksivärinen)
s (yksivärinen) Ss (valkolaikku) ss (yksivärinen)

Siis todennäköisyys, että jälkeläinen on valkolaikku on 1:1.

Jos kaksi valkolaikkuista kissaa yhdistetään toisiinsa, ja molempien kissojen vanhemmista toinen on ollut yksivärinen, voimme taas olla varmoja, että molemmat kissat voivat periyttää joko valkolaikkua (S-alleelia) tai yksivärisyyttä (s-alleeli). Nyt taulukko näyttää seuraavalta:

Molemmat vanhemmat heterotsygootteja valkolaikkuja S (valkolaikku) s (yksivärinen)
S (valkolaikku) SS (homotsygootti valkolaikku) Ss (heterotsygootti valkolaikku)
s (yksivärinen) Ss (heterotsygootti valkolaikku) ss (yksivärinen)

Eli yksivärisen todenäköisyys on 1:3.

Jos molemmat vanhemmat ovat homotsygootteja valkolaikkuja, kaikki jälkeläisetkin ovat homotsygootteja valkolaikkuja, eli heidän jälkeläisensä ovat aina valkolaikkuja.

Molemmat vanhemmat homotsygootteja valkolaikkuja S (valkolaikku) S (valkolaikku)
S (valkolaikku) SS (homotsygootti valkolaikku) SS (homotsygootti valkolaikku)
S (valkolaikku) SS (homotsygootti valkolaikku) SS (homotsygootti valklaikku)

Mistä sitten tiedämme, onko valkolaikku kissa heterotsygootti (Ss) valkolaikku vai homotsygootti (SS) valkolaikku?

Jos valkolaikkuisen kissan vanhemmista toinen on yksivärinen, voimme olla varmoja, että valkolaikku kissa on heterotsygootti yksivärisyyden kantaja. Samoin jos valkolaikku kissa on yhdistetty valkolaikun tai yksivärisen kissan kanssa, ja tuloksena on tullut yksivärinen pentu, voimme olla varmoja, että valkolaikku kissa on heterotsygootti yksivärisyyden kantaja ja jos molemmat vanhemmista ovat olleet valkolaikkuja, voimme olla varmoja, että molemmat valkolaikut kissat ovat heterotsygootteja yksivärisyyden kantajia.

Sen sijaan emme voi olla täysin varmoja siitä, onko kissa homotsygootti valkolaikun kantaja. Vaikka kissa saisi vain valkolaikkuja pentuja, voi silti olla mahdollista, että kissa periyttää myös yksivärillisyyttä. Jos pentueita on useita, eikä yhdessäkään pentueessa koskaan synny yksivärisiä pentuja, varsinkin jos toisena osapuolena aina on yksivärinen kissa, todennäköisyys sille, että kissa on homotsygootti valkolaikun kantaja, vahvistuu  mutta täysin  varmoja emme voi olla, etteikö kissa silti voisi periyttää myös yksivärillisyyttä. Perinnöllisyyshän on kuitenkin sattumankauppaa, siis kumpi kissan perintötekijöistä siirtyy jälkeläisille on aina sattuma.

Mikä vaikuttaa  valkoisen määrään?

Valkolaikkuisuus on kaikissa väreissä yleistä. Se on riippumaton mistään muusta geenistä, toisin sanoen muut geenit eivät pysty poistamaan valkolaikkuisuutta (ainoastaan valkoinen (W) voi sen peittää fenotyypissä). Valkolaikkuisuuden asteita on paljon. Ensimmäisessä vaiheessa sitä on vain mm. kaulassa, seuraavaksi se leviää rintaan ja alkaa nousta leukaan ja nenänvartta pitkin päähän. Valkolaikkuasteen lisääntyessä seuraavaksi tulevat etujalat mukaan valkolaikkukuvioon sitten maha ja takajalat, kunnes valkolaikkuisuus saavuttaa suurimman vaiheen ja kissa on lopulta täysin valkoinen (tätä valkoisuutta ei kuitenkaan pidä sekoittaa valkoista väriä periyttävään W-geeniin). Valkolaikkugeeni on hyvin vaihteleva, ainoa mitä siitä tiedetään on, että se on dominoiva. Geenin tarkkaa käyttäytymistä ei kuitenkaan tunneta ja usein pentueet tuovat kasvattajille yllätyksiä (myös niin, että yksivärisille vanhemmille syntyy valkolaikkuisia pentuja).

Valkoisen määrään vaikuttavista tekijöistä on esitetty seuraavia teorioita:

  • Valkolaikkugeeniä on väitetty epätäydellisesti dominoivaksi, jolloin se heterotsygootilla (Ss) yksilöllä antaisi valkolaikkuisuudesta matalamman asteen kuin homotsygootilla (SS) yksilöllä.
  • On myös ajateltu olevan toinen valkolaikkugeeni, jonka vaikutuksesta turkissa esiintyisi vain vähän valkoista. Tämän geenin luonnetta ei ole kuitenkaan oikein ymmärretty, onko se semidominoiva (epätäydellisesti dominoiva) vai resessiivinen.
  • Valkoisen määrään vaikuttaa myös melanosyyttien vaelluksen nopeus sikiöaikana eli mitä nopeammin melanosyytit vaeltavat, sitä vähemmän valkoista esiintyy. Melanosyyttien vaellukseen vaikuttaa huomattavassa määrin sikiön asema kohdussa ja sen kohdussa saama ravinto.
  • Pyhillä birmoilla esiintyvälle matala-asteiselle valkolaikkuisuudelle on pyritty saamaan oma selityksensä. Birman kissoilla olisi oma g-geeni (gloves/hanskat). Tämä geeni olisi resessiivinen, joten yksilön tulisi periä se kummaltakin vanhemmaltaan. Kokeellisesti on kuitenkin pystytty osoittamaan (vanhinkoastutukset ja uusien värien jalostaminen), että vaikka partnerina olisi täysin yksivärinen kissa, on jälkeläisillä vielä jonkin verran valkoista. Joten kyseessä lienee tavallinen piepald spotting, joka esiintyy matala-asteisena.

Kuviollinen vai kuvioton kissa

Kissa on kuviollinen, jos se saa perimässään agouti-geenin (A). Kuviollisuus on siis dominoiva ominaisuus. Ainoastaan dominoiva valkoinen peittää agoutigeenin alleen fenotyypissä. Agoutigeeni aiheuttaa karvojen raidottumisen, joka muodostuu tummista melaniiniraidoista ja kellertävänharmaasta pohjaväristä. Tabby- ja tiikerikuvioiset kissat ovat yleisimpiä luonnonpopulaatiossa ja myöskin alkuperäisimpiä väritykseltään, ns. peruskissoja.

Kuviottomuus eli non-agouti on resessiivinen ominaisuus, kissa on siis kuvioton vain silloin kun se saa non-agouti (a) alleelin molemmilta vanhemmiltaan. Kuviottomuutta ei pidä sekoittaa valkoiseen väriin, valkoinen kissa voi olla yhtä hyvin kuviollinen tai kuvioton, koska valkoinen peittää alleen kaikki muut väritekijät. Siten valkoisen kissan jälkeläinen voi olla kuviollinen tai kuvioton, taustastaan riippuen.

Agoutigeeni ei määrittele, minkälainen raidoitus kissalla on, se määrittää ainoastaan, näkyykö raidoitus vai ei. Myös kuviottomalla kissalla siis on olemassa lisäksi raidoituksen muotoa määrittävä geeni,  mutta se ei tule esille ulkoasussa. Tosin useimmiten pennuilla on havaittavissa haamuraidoitus, joka häviää pennun aikuistuessa.

Raidoituksen muoto määrittyy toisen geenin, tabbygeenin (T) vaikutuksesta. Tabbyraitaisista kissoista tunnetaan kolme tyyppiä: Abessiinialaisraidoitus (Ta) dominoi tabby- ja tiikeriraitaisia, tiikeriraidoitus (T) dominoi klassista tabbykuviota (tb). Homotsygootti abessiinialaisväritys TaTa  ilmentää vähemmän havaittavaa raidoitusta turkissaan kuin heterotsygootti Ta T tai Tatb, jolloin turkissa on selviä raitakuvioita. Puhdasrotuisella abessiinialaisella tuskin on ollenkaan raidoitusta jaloissaan tai hännässään vaan ne näyttävät väriltään tasaisilta. Puhdasrotuinen abessiinialainen on siis genotyypiltään AATa Ta .

Raitakuvioisista kissoista tunnetaan myös kolmas muoto, eli täplikäs muoto. Tämä värimuoto muodostuu tiikerikuvioisesta muodosta ja se on joko polygeenien säätelemää tai erityisen Sp-geenin määrittelemä, siitä miten tiikeriraidoitus saa täplikkään muodon ei ole täyttä varmuutta.

Miten sitten kuviointi periytyy (muut kuviolliset rodut kuin abessiinialainen)?

Kuvion ilmenemisen määrää agoutigeeni (A), raidoituksen muoto määräytyy tabbygeenin (T) mukaan. Siis joudumme tutkimaan kahden geenin vaikutusta.

Kahden kuviottoman kissan (aa) jälkeläiset ovat aina kuviottomia.

a (kuvioton) a (kuvioton)
a (kuvioton) aa (kuvioton) aa (kuvioton)
a (kuvioton) aa (kuvioton) aa (kuvioton)

Samoin klassinen tabby kissa periyttää aina klassisen tabbykuvion, ja kahden klassisen tabbyn jälkeläiset ovat aina klassisia tabbyja raidoitukseltaan. Jälkeläiset voivat olla myös kuviottomia, jos molemmat vanhemmat periyttävät kuviottomuutta. Tutkikaamme siis ensin minkälaisia mahdollisuuksia kahden klassisen tabbyn jälkeläisten on mahdollisuus olla, jos molemmat vanhemmat ovat heterotsygootteja kuviollisia:

Vanhemmat ovat genotyypiltään Aatbtb, ja voivat periyttää joko kuviottomuutta (atb) tai klassista tabbykuviota (Atb):

Atb atb
Atb AAtbtb Aatbtb
atb Aatbtb aatbtb

Jälkeläisistä kuviollisia on siis 3 ja 1 kuvioton, ja voivat olla homotsygootteja kuviollisia klassisia tabbyja (eli hänen jälkeläisistään kaikki ovat kuviollisia), heterotsygootteja kuviollisia klassisia tabbyja (eli heidän jälkeläisensä voivat olla kuviollisia tai kuviottomia) tai kuviottomia suhteessa 1:2:1.

Sen sijaan kahden ruskeatiikerin kissan jälkeläisten väritykset saattavat olla jo hyvinkin moninaiset. Olettakaamme, että molemmat vanhemmat ovat heterotsygootteja molempien ominaisuuksien suhteen. Silloin siis molemmat vanhemmat periyttävät joko kuviollista tiikerikuviota (AT), kuviollista tabbykuviota (Atb) tai kuviottomuutta tiikeriraidoituksella (aT) tai kuviottomuutta tabbykuviolla (atb):

AT Atb aT atb
AT AATT (tiikeri) AATtb  (tiikeri) AaTT (tiikeri) AaTtb (tiikeri)
Atb AATtb (tiikeri) AAtbtb (tabby) AaTtb  (tiikeri) Aatbtb (tabby)
aT AaTT (tiikeri) AaTtb (tiikeri) aaTT (kuvioton) aaTtb  (kuvioton)
atb AaTtb (tiikeri) Aatbtb (tabby) aaTtb (kuvioton) aatbtb (kuvioton)

Jälkeläisistä siis tiikeriraitaisia, klassisia tabbyja ja kuviottomia on suhteessa 9:3:4.

Homotsygootteja kummankin perintötekijän suhteen on 1 kutakin eli yksi periyttää ainoastaan kuviollisuutta ja ainoastaan tiikeriraitaa, yksi ainoastaan kuviollisuutta ja tabbykuviota (mutta voi saada tiikerikuvioisen kissan kanssa myös tiikerikuvioisia pentuja), yksi ainoastaan kuviottomuutta ja tiikeriraitaa (hänen jälkeläisensä voivat siis olla kuviollisen kissan kanssa yhdistettynä joko kuviottomia tai tiikeriraidallisia) ja yksi ainoastaan kuviottomuutta ja tabbyraitaa (jälkeläiset voivat olla joko kuviottomia tai kuviollisia, tiikeriraitaisia tai tabbykuvioisia). Sekä klassista tabbyä että tiikeriraidoitusta periyttää 8 jälkeläisistä, heistä 6 kuviollista ja 2 kuviottomia. Jälkeläisistä 4 on heterotsygootteja sekä kuviottomuuden että raidoituksen periyttämisen osalta.

Kaikki homotsygootin tiikeriraidallisen kissan kuviolliset jälkeläiset ovat tiikeriraidallisia, olipa toinen osapuoli tabby- tai tiikerikuvioinen, mutta osa pennuista saattaa olla kuviottomia, jos molemmat kissoista periyttävät kuviottomuutta. Jos jompikumpi osapuolista on homotsygootti kuviollisuuden suhteen, kaikki pennut ovat tiikeriraidallisia. Vastaavasti jos tiikeriraidallinen kissa saa klassisen tabbykuvioisen pennun, tiedämme että kissa periyttää klassista tabbya (eli on heterotsygootti Ttb) ja jos molemmat osapuolet ovat tiikereitä, tiedämme, että molemmat periyttävät tabbykuviota.